Il metodo Psicoanalitico è l’unico che consente di accedere agli strati più profondi della psiche. Non sono previste “interviste” ma il paziente è libero di dire (e non dire) ciò che vuole. La Psicoanalisi non crede che i sintomi siano frutto del caso ma che essi potranno esprimere messaggi precisi e attraverso la comprensione degli stessi promuove l’accettazione di sé e va a cercare di tollerare quello che accade rispetto ai propri vissuti. 
Freud parla di determinismo psichico:

• nella mente nulla avviene per caso; nessun accadimento psichico si verifica indipendentemente da altri. Ogni evento psichico è collegato casualmente ad altri che lo hanno preceduto e che esso precede. Ogni fenomeno psichico non si verifica per caso ma ha un suo preciso significato.

• qualora certi fenomeni psichici sembrino privi di significato o non collegati ad altri, si ipotizza che-  
  il loro significato sia fuori dalla consapevolezza del soggetto, cioè inconscio.

La profondità del lavoro conduce verso cambiamenti profondi e stabili nel tempo.
Il modello “a tre scatole” prevede tre contenitori o meglio tre livelli di analisi.

Nella prima scatola, l’inconscio passato ha un contenuto orientato soltanto al passato e rappresenta il bambino dentro l’adulto. Esso si situa fuori del campo esperienziale; è primitivo, ma non si limita alle pulsioni. Consiste di fantasie inconsce, con aspetti difensivi, di rassicurazione, di soluzione di problemi. I desideri che provengono dalla prima scatola sono perentori e diretti alla ricerca di soddisfacimento nell’ottica esclusiva del passato. Una prima censura, tra prima e seconda scatola, è concepita come analoga alla barriera repressiva di Freud.

Nella seconda scatola, l’inconscio presente ha un contenuto orientato al presente. Contiene anch’essa fantasie inconsce, con aspetti difensivi, di rassicurazione, di soluzione di problemi, ma tali fantasie qui sono sotto l’influenza delle richieste del presente, non più solo nell’ottica esclusiva del passato. Il confine tra inconscio passato e inconscio presente è regolato da affetti di pericolo e
dolore, che sono stati associati alla repressione e allo splitting e che richiedono quindi modifiche delle fantasie proprie dell’inconscio passato che le rendano idonee all’inconscio presente. Nella situazione clinica, modifiche di tal genere sono esplicitate attraverso il transfert. La seconda censura, tra seconda e terza scatola, è essenzialmente devoluta ad evitare sentimenti di vergogna, imbarazzo o umiliazione.

Nella terza scatola, la coscienza si situa e si apre nel mondo esterno, rendendo i propri confini permeabili (verso l’esterno). Dal modello così brevissimamente riassunto emergono almeno due aspetti clinici particolarmente importanti, che da un lato illuminano la vocazione psicoterapeutica, dall’altro orientano la ricerca in un sistema concettuale pur articolato e complesso:​

1. Il contenuto della prima scatola, del tutto inaccessibile alla coscienza, perché al di fuori del1.  
   campo esperienziale, è immodificabile per via diretta; esso può essere modificato invece in via 
   indiretta, per quel tanto che la psiche adulta adatta i derivati dell’inconscio passato nell’inconscio 
   presente;

2. Di conseguenza, il materiale nella seconda scatola può essere reso appropriatamente accessibile, a 
   patto e nella misura in cui il terapeuta riesca ad aiutare il paziente ad oltrepassare la seconda 
   censura, mettendo a disposizione un’atmosfera di tolleranza, accettazione e benevolenza che 
   indebolisca l’inibizione costruita sui sentimenti d’imbarazzo, di vergogna e di umiliazione.

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Joseph Sandler ha sempre sottolineato con forza, nel suo insegnamento, la parte giocata dai sentimenti di benessere e sicurezza nella regolazione dei meccanismi di funzionamento mentale. Ogni individuo costruisce i suoi specifici mezzi di confronto con le minacce costituite dalla perdita della speranza, al fine di mantenere dei sentimenti di sicurezza adeguati. In quest’ottica quindi le manifestazioni sintomatiche possono essere intese come tentativi individuali di procurarsi uno scudo protettivo allo scopo di mantenere un’esperienza di equilibrio psichico; è quando un lavoro di tal genere fallisce che il paziente viene spinto alla terapia. Di conseguenza, lo scopo del trattamento psicoterapeutico psicoanalitico è, per Sandler, di aiutare i pazienti ad accettare ciò ch’è in prima istanza inaccettabile, le parti infantili che hanno fatto insorgere conflitti dolorosi. Si tratta di una impostazione che ha una posizione centrale nell’attività di insegnamento e supervisione: “…non tutti gli analisti potrebbero completamente condividere le affermazioni di Freud che l’analisi aspira a rendere conscio l’inconscio o a rimpiazzare l’Es con l’Io. La nostra opinione, forse piuttosto idiosincratica, è stata esposta come segue: l’analista mira ad aiutare il paziente ad accettare, alla fine del processo analitico, i suoi aspetti di desiderio infantile che hanno suscitato conflitti dolorosi e che sono diventati una minaccia nel corso del suo sviluppo. L’analista dunque persegue l’obiettivo di condurre il paziente a tollerare i derivati di queste parti di sé che sono presenti nel suo pensiero e nelle sue fantasie consce. Per dirla in un altro modo, lo scopo analitico fondamentale è condurre il paziente a “diventare amico” delle parti precedentemente inaccettabili di sé stesso e a convivere con le fantasie e i desideri in precedenza minacciosi. Fare ciò significa che l’analista deve procurare, per mezzo delle sue interpretazioni e del modo in cui le porge, un’atmosfera di tolleranza verso tutto ciò che è infantile, perverso e ridicolo, un’atmosfera che il paziente può rendere parte del suo proprio atteggiamento nei confronti di sé stesso e che può internalizzare unitamente alla comprensione che ha raggiunto nel suo lavoro con l’analista”